南京理工大學是國務院學位委員會首批批準的具有博士學位授予權的單位，2004年6月被教育部批準成立研究生院,進入全國高校的先進行列。
學校具有完備的學位授予體系，現有11個博士學位一級學科授權點，40個博士學位二級學科授權點;110個碩士學位授權點;有工程碩士專業學位、工商管理碩士(MBA)專業學位、公共管理碩士(MPA)專業學位、高校教師在職攻讀碩士學位、在職人員以同等學力申請博士或碩士學位授予權。
學校具有覆蓋面較廣的學科體系，目前，學校的博士學科點覆蓋了兵器、機械、力學、控制、光學、儀器、化工、材料、環境、電子、通信、計算機、管理、航空宇航、思想政治教育等學科領域。2007年，經國務院學位委員會審批，學校擁有2個一級國家級重點學科、4個二級國家級重點學科，分布在兵器科學與技術、光學工程、材料科學與工程、控制科學與工程、化學工程與技術、電子科學與技術等6個一級學科中。高水平且覆蓋面較廣的學科體系為培養高質量的研究生提供了可靠的保障。
學校現有博士生導師200多名，碩士生導師700多名;博士研究生年招生規模為350多名,碩士生年招生規模為1700多名,在校研究生5000多名。此外,在職人員攻讀碩士學位年招生規模為800多名,在讀學生2500多名。
經過教師和研究生多年的努力，到2008年3月，已經培養出博士1230多名，碩士12350多名，他們在各自的工作崗位上為國防科技發展和國民經濟建設做出了很大的貢獻。