生態水利學屬水利工程一級學科，于2002年批準為碩士學位授權點。計劃從2004年開始招生，其主要研究領域將集中在水循環與生態系統、生態水利規劃與設計、水利工程的生態效應、生態水利系統管理四個方面。目前該學科點的碩士生指導教師有13人。
我校已有“水文學及水資源”國家重點學科，有“水資源開發利用”教育部重點實驗室，擁有水資源開發利用和生態環境保護的強大師資隊伍，因此，為培養生態水利學科的碩士研究生提供了雄厚的支撐力量。同時，我校開展生態水利研究已有二十多年的歷史，自二十世紀80年代以來，我校共負責承擔了有關生態水利方面的國家攻關項目、國家自然科學基金和部、省級重點科研項目一百余項，在太湖地區水污染綜合防治、長江中下游典型湖泊環境演化過程規律、城市污水灌溉對生態環境影響、污染河道對地下水環境影響、西北地區水資源與生態環境評價及發展趨勢研究等方面，取得了多項有重要學術價值的科研成果。
一、培養目標
在生態水利科學方面具有堅實的基礎理論和系統的專門知識，在理論分析、科學實驗和計算技術方面得到基本訓練，較熟練地掌握一門外語。具有從事科學研究或擔負專門工程技術工作的能力，并能取得較系統的研究成果，能為我國現代化建設積極服務，成為高級科學人才。
二、主要研究方向
1、水循環與生態系統
2、生態水利規劃與設計
3、水利工程的生態效應
4、生態水利系統管理