隨著非公有制經濟的不斷發展、國有企業的轉型和勞動用工制度的改革，市場經濟利益機制的消極作用呈現出來，使得矛盾逐步凸顯，而勞動關系矛盾恰恰是影響社會和諧的一個重要。本文總裁學習網總結了國有企業勞動關系現存的五大問題：
(1)用工形式多元化問題。
盡管我國相繼出臺了1995年的《中華人民共和國勞動法》，明確了企業用工制度，2008年的《中華人民共和國勞動合同法》，強化了企業用工的基本形式為勞動合同制。但是，由于歷史的原因，在國有企業中普遍存在著多元化的用工形式，不同身份的職工不能同等地享有權利。許多企業都同時存在所謂全民職工、集體職工、派遣工、臨時工、下崗工、內退工、停薪留職工等等。所有這些不同形式錄用或不同身份的職工，在企業中享有權利是存在諸多不同的。這些差別所形成的歧視都是激發勞動關系矛盾隱憂與導火索。同時，這種用工制度或形式的差異是違反相應的法律規定，因此，對社會的穩定發展產生了不利影響。
(2)行政化的管理模式仍然存在。
我業改革經歷了30多年，國有企業經營者已取代了政府在勞動關系中的主體位置，不再受制于政府，而是獨立地、自主地參與到經濟交往活動中來，同時，國家也明確取消了企業經營者的行政級別，企業依法成為市場經濟的主體。但是，有些國有企業基本上還保持著領導職務的行政級別劃分和企業內部行政化的管理模式。主要表現在薪酬管理制度方面，有些國有企業仍是行政(官職)級別決定收入，有職稱技術人員的收入遠不及同級官職的收入。這種導向，致使職工紛紛追逐“官職”而無心于科研生產，企業就大有可能停滯不前甚至走向消亡。
(3)政府的間接干預使國企經營者無所適從。
在國有企業內部出現了雙方目標與需求的整合，改革開放使國有企業原有的一體化利益結構趨于分化，而政府一系列的政治修復措施將這種分化的結構重新整合，如重申“黨管干部”的原則，并對國有企業經營者建立考核、任命和評價制度。在這種制度下，經營者不得不將政府設定的社會目標加入到企業管理目標中，只有這樣才能讓自己的“職位穩定”，兼顧雙重目標，讓經營者精力分散，不能更好的服務于企業。同時，政府的干預也嚴重制約著企業的自由發展，這與市場經濟是格格不入的，歐美國家至今仍以此為借口，拒絕承認我國市場經濟地位，以致于我國在兩反一保案件中總敗訴出局，這不得不讓人深思。
(4)申訴渠道不暢通。
法律法規對企業內部發生的勞動爭議已明確了解決辦法，多數國有企業也依法設有勞動爭議調解委員會(未設置此機構的是由工會代為履行相應職責)，但勞動爭議調解委員會的人員組成(企業方面的代表和職工代表組成，工會方面的代表擔任調解委員會主任)令職工疑慮重重，主要原因調解委員會中的職工代表、工會干部往往不是職工真正選舉產生的，而是企業領導“授意”產生的，致使處于弱勢群體的職工對勞動爭議調解委員難以給予信任。
(5)少數國有企業仍未能理順勞動關系。
因歷史遺留問題，現仍有極少數國有企業，對停薪留職人員、掛靠人員、“二不找”人員、“長期病休”人員、“內退”人員及“放長期”人員及本單位原有的全民所有制的正式職工沒有及時完善勞動合同，理順勞動關系，使國有企業與勞動者解除勞動關系困難重重。