清華大學教育研究機構始建于1979年10月，當時名為“清華大學教育研究室”，1985年11月擴建，改名為清華大學教育研究所。1998年教育技術學碩士點獲得教育部批準，之后成立教育技術研究所。為適應新時期高等教育事業發展和學術研究質量提高的需要，2009年3月經清華大學學術委員會討論通過，由校務委員會批準，教育研究所與教育技術研究所合并正式成立清華大學教育研究院。
本院下設高等教育、教育政策與管理、教育技術、基礎教育四個研究所以及《清華大學教育研究》雜志編輯部和辦公室。現有在職教師 25 人，其中教授 7 人，副教授 9 人，講師7 人；另外兼職教授、其他研究及工作人員40余人。全院教師中擁有博士學位者 18 人。
教育研究院設有高等教育學、教育經濟與管理學博士和碩士點，教育技術學碩士點。自1990年開始招收研究生，為高等學校、國家機關、教育管理部門以及重點企事業單位培養輸送了高質量的畢業生；同時，教育研究院還招收教育專業博士（EdD）研究生、研究生課程進修學員，旨在為學校和教育管理部門培養教學研究和管理骨干。
以本院為秘書處的清華大學教育研究會和清華大學高等教育學會，分別成立于1986 年和2004年。作為群眾性的學術研究團體，設有 13 個研究小組，擁有會員200 多人，充分調動了全校廣大教工開展教育研究的積極性，力求理論研究與改革實踐密切結合。
目前，清華大學教育研究院正為發展我國高等教育科學事業，為建立有中國特色的社會主義高等教育制度和體系，為我校建設世界一流大學目標的實現做出應有的貢獻。