醫藥產業是永不衰落的朝陽產業，隨著人類文明的日趨發達，人們對自身身心健康的要求也越來越高，而對藥物品種、質量、數量等方面的需求也會越來越高，近二十年來制藥產業在需求的驅動下迅猛發展。
人類基因組計劃、干細胞技術和組織工程、生物信息學、轉基因動物和轉基因植物、克隆技術、生物芯片、基因治療和細胞治療等大批新技術的涌現對生物制藥產業都產生了巨大的推動作用。
從20世紀80年代以來，世界醫藥市場每年以8-10%的速度增長，中國藥品市場以20%左右的速度增長。1994年世界醫藥市場為2467億美元，2000年為3500億美元，預計2010年將突破6000億美元。這一數字遠高于其它化學工業的增長水平。因此制藥產業有著非常光明的前景。
我國現有藥品制劑和原料藥生產企業5082家，這些制藥企業是制藥工程專業畢業生的主要去向。 根據醫藥工業發展的要求和制藥工程專業的培養目標，制藥工程專業的學生畢業后能夠從事藥品生產、新藥研制及企業管理等工作。結合我國5000家左右的醫藥企業，制藥工程就業前景非常廣闊。
制藥工程專業畢業后可到制藥工程(或醫藥生物技術)領域相關的生產企業、營銷企業、科研院所、藥品監督管理部門等企、事業單位從事藥品生產、管理、營銷、檢驗監督和研發等工作。也適于報考生物技術、藥學及相關專業的研究生。
在校期間可考取藥品檢驗員、營養師等資格證書。
具體從事工作：
畢業后可從事一切與藥物有關的工作：例如
研發人員——在藥廠、大學、研究所的研究部門，從事藥物研發工作;
生產、技術人員----在藥廠，從事藥品生產、技術工作;
質檢化驗人員——在藥廠、食品廠、藥檢所，從事食品藥品質檢化驗工作;
管理人員----在藥廠，從事藥物的生產技術管理等工作;
營銷人員----在藥廠、醫藥營銷公司，從事藥品營銷、內勤等工作;
藥劑師——在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作;在藥店、醫藥營銷公司，從事藥品使用指導咨詢等工作;
藥檢人員——在藥檢所從事藥物的質量鑒定和制定相應的質量標準;
公司職員——在醫藥貿易公司或制藥企業從事藥品流通及國內外貿易。
藥品監督人員——公務員，在國家、省、市、縣藥品監督局，從事食品藥品質量監督等工作;
營養師----
考研-----報考生命科學、生物技術、藥學及相關專業的研究生。
全國制藥工程專業現狀
本專業名稱正式出現在教育部的本科專業目錄是1998年。從1999年起，全國正式開始招收制藥工程本科生。
在1999年制藥工程專業招生時，全國共有34所高等院校設置制藥工程專業，其中醫藥類院校13所，理工類院校12所，綜合性大學9所，招生人數為1165人。
近年來，制藥行業作為以高新技術為依托的朝陽產業發展迅猛，高等教育的發展也進入了快車道，因此制藥工程專業的發展速度和規模相當驚人。
一些與制藥工程專業類似的專業，例如抗菌素專業和微生物藥學專業，許多院校選擇了與此更相近的制藥工程專業。另外一個專業---精細化工專業，有不少院校的精細化工專業都把化學藥物的合成制備作為一個重要的教學內容，盡管按照新的招生目錄，精細化工專業應以化學工程與工藝專業的名義招生，但是仍有相當數量的精細化工專業看準了制藥工程方向，改建成了制藥工程專業。
隨著人們對藥品這種特殊商品越來越重視，不少高校非常看好制藥工程專業，通過轉型或新建形成了制藥工程專業。
2003年8月全國已開設制藥工程本科專業的高等院校達98所，當年的招生人數達6243人。
2004年5月20日，國內已有121所高校設置了制藥工程專業，在所有工科專業中排名第15位。
2005年國內又有20家高等院校申報設置了制藥工程專業，共有141所高校設置了制藥工程專業
2006年有13家院校成功申報設置了制藥工程專業。
截止到2006年底全國已開設制藥工程本科專業的高等院校達154所。其中獨立學院有7所(2006年教育部批準新設制藥工程專業，包括長春工業大學人文信息學院)。