員工自動離職，從主觀上，其已經沒有繼續為原用人單位服務的意愿，客觀上采用不辭而別的方式不再為用人單位服務，其實質是員工違反勞動合同、勞動法規的規定，違法解除與用人單位解除勞動關系。
1、做好入職時的準備工作
員工入職時，應具體收集員工的聯系地址方式或者聯系人，并說明公司的相關文件，郵寄至聯系地址或其他聯系人，即視為送達員工本人。這樣員工離職時，可以聯系到員工，也可以將企業的決定等文件及時傳達給員工。
盡可能的明確招聘、培訓等用人單位的費用支出，便于計算員工造成損失的數額。
2、主張賠償損失
如果員工自動離職確實給企業造成了損失，企業可以依據《違反〈勞動法〉有關勞動合同規定的賠償辦法》，收集相關證據，向勞動者主張賠償。
3、向員工送達解除勞動關系的通知書
用人單位可以按員工入職時確定的聯系地址或者聯系人，向員工送達《告知書》，告知員工自動離職的法律后果和責任。
4、制定相應規章制度
企業應結合《勞動合同法》第三十九條制定規章制度，將自動離職納入嚴重違反規章制度的范疇，做到在處理員工自動離職時有據可依。